Η Merck KGaA δεν είναι ίδια με τη Merck & Co
Υπάρχει διαρκώς σύγχυση μεταξύ των δύο εταιρειών· ωστόσο, η άμεση σχέση μεταξύ της εταιρείας Merck KGaA που εδρεύει στο Darmstadt και της αμερικανικής φαρμακευτικής εταιρείας Merck & Co., η οποία εδρεύει στο Whitehouse Station του New Jersey, έχει παύσει προ πολλού. Η Merck στο Darmstadt είναι η παλαιότερη φαρμακευτική και χημική εταιρεία στον κόσμο και συνεχίζει να λειτουργεί με επιτυχία σήμερα τόσο στο φαρμακευτικό όσο και στο χημικό τομέα. Η Merck & Co. έγινε ανεξάρτητη εταιρεία μετά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο.
Οι ιστορικές ρίζες του Ομίλου ξεκινούν στο Darmstadt, όπου ο Friedrich Jacob Merck εξαγόρασε την Engel-Apotheke (“Angel Pharmacy”) το 1668. Το 1827, ο Heinrich Emanuel Merck ξεκίνησε την παραγωγή αλκαλοειδών, φυτικών εκχυλισμάτων και άλλων χημικών σε βιομηχανική κλίμακα. Οι επιτυχημένες εξαγωγές στις Ηνωμένες Πολιτείες οδήγησαν το 1887 στην ίδρυση μιας θυγατρικής στη Νέα Υόρκη. Η Merck & Co. ιδρύθηκε το 1891 από τον Georg Merck, εγγονό του Heinrich Emanuel Merck. Μετά την κατάσχεση των περιουσιακών στοιχείων εξαιτίας του Πρώτου Παγκοσμίου Πολέμου, η Merck & Co. αποχωρίστηκε πλήρως από τον όμιλο εταιρειών Merck KGaA και έγινε μία ανεξάρτητη εταιρεία, εδρεύουσα στην Αμερική.
Οι δύο εταιρείες δεν συνδέονται πλέον μεταξύ τους καθ’ οιονδήποτε τρόπο. Το μόνο κοινό είναι η λέξη Merck στην επωνυμία τους, και μόνο για την περιοχή της Βορείου Αμερικής. Πέραν της περιοχής αυτής, η αμερικάνικη εταιρεία δραστηριοποιείται ως MSD (συντομογραφία για το Merck Sharp and Dohme) ή MSD Sharp & Dohme. Η Merck KGaA, αντιστοίχως, διατηρεί τα δικαιώματα της επωνυμίας στον υπόλοιπο κόσμο και δραστηριοποιείται στη Βόρειο Αμερική υπό τη γενική επωνυμία EMD, η οποία προκύπτει από τα αρχικά των λέξεων Emanuel Merck, Darmstadt.
